Den faglige struktur i IPU afspejles i den organisatoriske struktur. Strukturen er opdelt efter de samme fagområder som de tilsvarende samarbejdende DTU-institutter.

Af større samarbejde der udmøntes i en egentlig faglig struktur, skal nævnes samarbejdet med DTU-institutterne Institut for Produktion og Ledelse, IPL, Institut for Mekanik, Energi og Konstruktion, MEK, og Danmarks Tekniske Videncenter, DTV, der alle er organiseret som egentlige sektioner i IPU. Sektionernes navne er: IPU Produktudvikling, IPU Produktion og IPU ScienceComm.

Af øvrige samarbejder skal nævnes BioCentrum, Institut for Kemiteknik og Institut for Informatik og Matematisk Modellering, der alle er organiseret i IPU-Venture.

I datterselskabsform skal nævnes Arcanic A/S i et samarbejde med DTV.

Endvidere arbejdes der med foreningsarbejde i samarbejde med IPL i ATV-Semapp og i samarbejde med MEK, Mekatronisk Selskab og Fluid Power Net International og Dansk Simuleringsforening.